《蘑菇湿地福利院yy小辣椒》本来是重案组沙展的朱华标（刘青云 饰）因殴打上司被处分调往冲锋队。成为麦兜（张达明 饰）、Apple（李绮红 饰）、大丹、饭焦（陈小春 饰）几人的上司，但朱标华却与饭焦常常发生矛盾。此时，重犯教授与小鸟成功从狱中逃脱，更想在闹市中枪杀译名国际刑警，标华不管上司及同事的 反对而奋力追捕，就算最后他们一组人成功将教授抓获。一天他们在巡逻时，标华收到消息这群罪犯要到国际刑警的总部偷取九千万的赃款，标华正欲前往，但他们本身就有任务在身，饭焦便极力反对标华的行动……