《深夜导航》故事发生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出现了《幪面超人EX-AID》世界的敌人怪人崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神神秘男人出现在他眼前。 自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空竟出现了倒立的另一个世界。另一边，EX-AID的世界也发生同样的状况。有天空之壁的世界正逐渐的坠落到 EX-AID的世界，距离两个世界冲突碰撞的时间还剩下24小时。世界末日的倒数开始…！ 面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群战士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开——