《深夜导航》在帕米尔，有一支信仰神秘力量的古老部族，其中正邪两派对峙多年。这一年，邪派头目（狄威 饰）将长老杀死夺权，长老在临死前告知自己的女奴斯娜（朱宝意 饰）继任者将从东方赶来……香港设计师祖（周润发 饰）与女友艾达（蓝洁瑛 饰）来尼泊尔旅游，祖在野外遇险，受伤后返港入院治疗。在医院，祖不时会看到斯娜的幻影。不久，斯娜亦来到香港，并赶到医院将祖的伤治好，而且赋予他特异功能。将斯娜收留在家中的祖瞒着艾达，渐渐与斯娜产生了感情。与此同时，邪派头目来到香港，意欲杀害祖和斯娜。斯娜为了完成前任主人的嘱托，暗示祖前往尼泊尔收服邪派，但先行一步的对手，早已逼近了他们的身边……